湖泊、河流等水體的污染防治是“三大攻堅戰”的內容之一，也是與老百姓息息相關的社會熱點問題。近年來，我國高度重視水污染防治，通過河湖長制的推行、污染源的治理以及截污、清淤、圍網拆除等措施的實施，已初見成效。
目前，我國對湖泊、河流的治理目標執行的標準還是2002年頒布的《地表水環境質量標準(GB 3838-2002)》。依據該標準，水體健康與否主要是看化學需氧量(COD)、氨氮、總磷、總氮、部分重金屬、溶解氧等物理、化學指標和大腸桿菌衛生指標。該標準對于水體評價來說易于監測和比較，卻并不全面。因為水質只是自然水體評價的一個重要方面，但僅僅靠水質指標來評價湖泊、河流的生態環境狀況，并沒有反映水生生物因子，顯然是不合理的。實際上，依據生物指標的評價有其優越性。
此外，依據該標準，一些地方對于受污染水體的治理往往停留于截污和圍網拆除，拒絕進一步的生態修復措施；有的地方甚至簡單地采取換水和固化岸坡等辦法，為了快速實現水質達標而破壞生態。
健康的自然水體孕育著各類動物、植物、微生物，這些生物的生命活動驅動著水、底泥、大氣之間的物質循環，形成自我凈化能力。即使在季節演替中有個別指標短暫超過水質評級的數值范圍，也將自然恢復。相反，一些靠高成本手段維持水質的水體，即使表面上達標，實際上卻不具備健康的生態系統和良好的自我凈化能力。
所以，無論從評價的科學性還是從約束導向作用來看，對水體的評價都需要有生態指標。水環境是否健康，還要看水是否適合生物的生命活動需求，水里的魚、藻、底棲生物是否和諧共生，是否能呈現清水綠岸、魚翔淺底的景象。
發展和推廣水生態修復技術。在制定和推行生態評價標準的同時，大力發展和推廣水生態修復技術，努力促進技術流程的標準化和向環保企業的轉移轉化。不僅要讓水體生態可評價，還要讓生態修復可實現。水植物種群篩選與擴繁、人工干預－系統自調控植被管護、基于香灰土底質改良的水生植物修復等系列技術，提出了低等藻類異常增殖控制技術、沉水植物恢復與群落優化調控技術等。
